Ferdinand II. war Sohn des Erzherzogs Karl von Kärnten und Steiermark und der Maria von Bayern und stammte damit ursprünglich aus einer Nebenlinie der Habsburger in Innerösterreich (Steiermark, Kärnten und Krain).

Nach dem Tod seines Vaters (1590) übergab seine streng katholische Mutter die Erziehung des Knaben den Jesuiten in Ingolstadt, die ihm einen unversöhnlichen Haß gegen den Protestantismus einflößten, so daß er zu Loreto vor dem Altar der Mutter Gottes freiwillig das feierliche Gelübde ablegte, den Katholizismus um jeden Preis wieder zur allein herrschenden Religion in seinen Staaten zu machen.

Seit 1595 führte er selbst die Regierung in Innerösterreich und baute seine Residenz Graz aus. In den innerösterreichischen Ländern wurde die Gegenreformation mit großer Härte durchgeführt; Ferdinand wird der Spruch zugeschrieben: Besser eine Wüste regieren als ein Land voller Ketzer.

1617, schon vor dem Tod seines kinderlosen Cousins Matthias wurde er König von Böhmen, 1618 König von Ungarn. Auch dort versuchte er die Gegenreformation mit voller Härte durchzusetzen und wurde damit einer der Auslöser des Dreißigjährigen Kriegs, im er anfangs mit Hilfe seiner Feldherren Albrecht von Wallenstein und Johann Tserclaes von Tilly sehr erfolgreich war.

Nach Matthias' Tod am 20. März 1619 wurde Ferdinand am 26.08 in Frankfurt zu dem Kaiser gewählt. Ferdinand erwies sich als schwacher Herrscher, der sich häufig seiner Berater bediente um politische Entscheidungen zu treffen. Von besonderer Bedeutung war Geheimrat Fürst Hans Ulrich von Eggenberg, der aufgrund seiner Fähigkeiten, als Diplomat und enger Berater fungierte.

Die Böhmen hatten ihm als Feind der Gewissensfreiheit die Königskrone aberkannt, und sie am 27.08 1619 dem reformierten Kurfürsten der Pfalz Friedrich V. überreicht. So kam es zur Schlacht am Weißen Berg, in der Friedrich jedoch am 8.11 1620 gegen den mit Ferdinand verbündeten Herzog Maximilian von Bayern, den Führer der katholischen Liga, unterlag. Nach diesem Sieg errichtete er in seinen Ländern ein absolutistisches Regiment, in Böhmen 1627 mit der Verneuerten Landesverordnung. In dem Reich wurde 1629 das Restitutionsedikt erlassen, das den Protestantismus schwer schädigte. Ca. ein Teil Schlesiens war davon ausgenommen.

Dem Herzog Maximilian gab Ferdinand zu dem Lohn für die ihm geleistete Hilfe die Kurfürstenwürde nebst der Oberpfalz, nach dem er Friedrich einseitig und in dem Widerspruch mit den Bestimmungen der Reichsverfassung seiner Würde und seiner Lande verlustig erklärt hatte.

Um diese Acht zu vollstrecken, ließ er spanische und ligistische Truppen in die Rheinpfalz einrücken und in den besetzten Gebieten den Protestantismus gewaltsam unterdrücken wodurch der Religionskrieg nach Deutschland gelangte. Die rücksichtslose Durchführung des geistlichen Vorbehalts und die Wiederherstellung der katholischen Stifter durch Tilly rief den niedersächsisch-dänischen Krieg hervor, für den Ferdinand ein eigenes kaiserliches Heer unter Wallenstein aufstellte. Die Herzöge von Mecklenburg, welche dem König Christian IV. von Dänemark gegen Tilly und Wallenstein Hilfe geleistet hatten, entsetzte er ihrer Länder und belehnte damit Wallenstein.

Zwar scheiterte sein Plan, sich der Seeherrschaft auf der Ostsee zu bemächtigen, an dem erbitterten Widerstand, den Stralsund der Belagerung durch Wallenstein entgegenstellte. Dennoch hatte er ganz Deutschland seiner Macht unterworfen, und er erließ nicht nur, um den Protestantismus gänzlich zu vernichten, am 6. März 1629 das Restitutionsedikt, sondern suchte auch durch Verleihung zahlreicher Bistümer an österreichische Erzherzöge und durch Beschränkung der fürstlichen Unabhängigkeit durch die Wallensteinschen Heere eine absolute Militärmonarchie in Deutschland zu begründen.

Daraufhin erhoben sich jedoch seine bisherigen Verbündeten, die Fürsten der Liga, gegen ihn und zwangen ihn 1630 auf dem Reichstag in Regensburg zur Entlassung Wallensteins und zur Verminderung der kaiserlichen Truppen. Die gleichzeitige Landung Gustav Adolfs in Pommern entriß Ferdinand mit einemmal alle errungenen Erfolge und zwang ihn, um seine Erblande zu schützen, zu einem demütigenden Vertrag mit Wallenstein. Wallenstein wurde 1634 ermordet und der Verdacht, Ferdinand habe die Ermordung Wallensteins befohlen, taucht bis heute stets wieder auf.

Ferdinands Heer erstritt Anfang September 1634 den wichtigen Sieg in der Schlacht bei Nördlingen; jedoch suchte er nun durch Zugeständnisse an die evangelischen Fürsten dem Krieg ein Ende zu machen und schloß zu diesem Zweck 1635 den Prager Frieden, im er auf die Durchführung des Restitutionsediktes verzichtete.

Ferdinand konnte noch die Wahl seines Sohns zu dem König erreichen und am 15. Februar 1637 starb er in Wien. Sein Grab befindet sich im für ihn und seine Familie erbauten Mausoleum in Graz.

Ferdinand war von kleiner, gedrungener Gestalt, heiter und freundlich gegen seine Umgebung; seine Gutmütigkeit artete häufig in Schwäche, namentlich gegenüber gewissenlosen Beamten, aus, durch seine maßlose Freigebigkeit zerrüttete er trotz seiner einfachen Lebensweise seine Finanzen; er war fleißig und gewissenhaft in der Erfüllung seiner Regentenpflichten, aber unselbständig in seinen Meinungen und ganz abhängig von seinen Räten (v.a.Hans Ulrich von Eggenberg)und Beichtvätern.

Der Kirche und ihren Dienern war er mit Fanatismus ergeben und der Sieg der katholischen Religion über die Ketzer sein höchsteAbsicht.

Er heiratete Maria Anna von Bayern die ihm sieben Kinder schenkte, darunter:

• Ferdinand (* 13.Juli 1608 - † 2. April 1657)
• Erzherzog Leopold Wilhelm== Berater Ferdinands ==

• Fürst Hans Ulrich von Eggenberg
• Graf Leonhard Helfried von Meggau
• Freiherr Karl von Harrach
• Graf Maximilian von Trautmansdorf
• Graf Wratislav von Fürstenberg
• Graf Rombalto Collalto
• Freiherr Peter Heinrich von Stralendorf

• Khevenhüller, Annalen Ferdinands II., 2. Aufl. 1716, 12 Bde.
• Hurter, Geschichte Ferdinands II., Schaffhausen 1850-64, 11 Bde.{| align="center" border="1" cellpadding="10"

| width="30%" align="center" | Vorgänger:
Matthias/ (in Böhmen: Friedrich I. von der Pfalz) | width="40%" align="center" | Herrscher des Heiligen Römischen Reichs
Liste der Könige von Ungarn
Liste der Herzöge und Könige von Böhmen | width="30%" align="center" | Nachfolger:
Ferdinand III. |}